Изучая материалы о новомучениках и исповедниках, комиссия, по словам владыки, столкнулась с рядом проблем, одна из которых касается возможности канонизации тех пострадавших клириков и мирян, кто по разным причинам отделялся от Московской Патриархии. "Суть нашего подхода к данной проблеме, - сказал докладчик, - заключается в том, что необходимо различать, с одной стороны, расколы, возникновение которых связано с глубокими экклезиологическими заблуждениями, граничащими с ересью, либо явившимися следствием преступного властолюбия и готовности послужить орудием в руках врагов Церкви в их замыслах, направленных на разрушение церковной жизни, такие, как обновленческий, самосвятский, григорианский, а с другой - разделения, связанные с деятельностью группировок так называемых непоминающих". Последние, будучи оппозиционно настроены к заместителю патриаршего местоблюстителя митрополиту Сергию из-за несогласия с его церковно-политической линией, тем не менее не разрывали общения с главой Церкви - находившимся в заключении патриаршим местоблюстителем митрополитом Петром. Большинство таких оппозиционеров не делало попыток образовать свой, альтернативный Московской Патриархии, церковный центр. По словам владыки Ювеналия, комиссия не усмотрела канонических препятствий к их прославлению. В то же время она пришла к выводу, что канонизация обновленцев, григорьевцев, самосвятов и др. невозможна, даже если они пострадали в годы гонений. Сложнее обстоит с возможностью канонизации оппозиционеров, сохранивших молитвенное общение с патриаршим местоблюстителем, но при этом не удержавшихся от попытки образовать или возглавить альтернативный церковный центр.

Другой сложный вопрос, с которым сталкивается комиссия при рассмотрении материалов, заключается, по словам владыки, в том, что при ознакомлении с содержанием соответствующих документов репрессивных органов выяснилось, что на допросах и под пытками следователей некоторые из пострадавших оговаривали себя, подписывая ложные признания, иногда даже с именами мнимых соучастников по делу, в результате чего оговоренные ими, в свою очередь, тоже подвергались репрессиям. В том случае, когда компрометирующие материалы, содержащиеся в следственных или судебных делах, не могут быть безусловно отклонены, как лишенные всякой достоверности, комиссия не может делать вывод об отсутствии препятствий для канонизации. Но такое решение, разумеется, не имеет окончательного характера и не исключает возможность канонизации пострадавшего клирика или мирянина в будущем, если в ходе дальнейших исследований обнаружится явная недостоверность сведений, почерпнутых из следственных дел.

Упомянутые затруднения, по словам докладчика, встречаются главным образом в связи с репрессиями 1930-х годов.

Большое внимание владыка Ювеналий уделил вопросу о возможной канонизации императора Николая II и членов его семьи. По его словам, с особой тщательностью комиссия изучила те проблемы, с которыми могли быть связаны возможные затруднения для положительного решения этого вопроса, в частности, принципиально важные моменты в государственной и церковной политике императора, взаимоотношения царской семьи с Распутиным, обстоятельства отречения царя от престола. Докладчик отметил, что основную задачу комиссия видит в объективном рассмотрении всех обстоятельств жизни членов императорской семьи вне идеологических стереотипов, господствовавших на протяжении минувших десятилетий.

Особое внимание владыка Ювеналий обратил на то, что комиссия в подходе к этой теме стремится, чтобы возможное прославление царственных мучеников не разъединяло, а объединяло людей. А для этого, по его мнению, необходимо, чтобы акт канонизации был свободен от всякой политической и иной конъюнктурности. В то же время докладчик подчеркнул, что деятельность главы государства невозможно изъять из политического контекста, но это не значит, что, совершая канонизацию царя или князя, Церковь руководствуется политическими или идеологическими соображениями.